Il me semble qu'il avait expliqué que les Geths avaient participés à la Guerre (suite aux actions de Shepard) mais qu'ensuite, les relation Geth/Quariens s'étaient dégradées

Où as-tu lu que les Geth avaient participés à la Guerre du Dernier Cycle ?

Ce n'est pas le cas et les choses vont être clarifiées dans le guide Quarien / Geth (si, si, il va sortir !).
Mais il y a peut-être un document dans lequel j'ai mit ça par erreur. Certains éléments de BG ont légèrement évoluée au fur et à mesure de l'écriture de certains guides. Normalement, c'est à la marge, mais j'ai peut-être raté quelque chose.

Après relecture rien de la sorte n'est indiqué, si j'ai bien compris selon Renaud, les Geths gardent Rannoch, chassent les Quariens et ne participent pas à la guerre du Dernier Cycle.

J'avais déjà soulevé ça mais je n'aime pas vraiment cette finalité, car en gros rien ne change chez les quariens et geths alors que dans Mass Effect 3 il y a forcément paix ou destruction d'un des deux camps.

Pour résumer les événements de Mass Effect 3 les concernant, les geths (réunifiés grâce à Legion, il n'y a plus d'hérétiques) organisent leur défenses face aux moissonneurs et rassemblent leurs données en un serveur, qui contiendra une bonne partie de conscience Geth. Les Quariens en sont informés, en profitent pour attaquer et détruire la structure. Les Geths perdent énormément de processus et en sont affaiblis, ils en viennent donc à accepter la proposition d'un moissonneur et de les " mettre à jour " avec son code afin de les booster. Ils renversent la bataille et tiennent tête aux quariens.
Shepard arrive, sauve les quariens de l'anéantissement, puis Legion qui servait de relai pour transmettre le code moissonneur. Plus tard, ils détruisent le moissonneur. Legion peut alors utiliser le signal qu'utilisait le moissonneur pour mettre à jour tous les Geths, et les rendre autonomes, tout comme lui. Mais en attendant, les Geths sont complètement désorganisés, les quariens décident de les annihiler.

Le joueur a alors 3 choix :

- Shepard laisse Legion faire la mise à jour. Les quariens continuent leur attaque, les Geths mis à jour riposteront et les annihilent. La conséquence à long terme la plus probable serait la perte de la quasi-totalité des quariens, puisqu'il est précisé qu'ils ont tout envoyé, y compris les vaisseaux civils, et rappelé ceux qui étaient en pèlerinage ou sédentaires. Il devrait en rester moins d'un million, la Flotte Nomade serait anéantie.

- Shepard détruit Legion. Les Geths sont vraisemblablement détruits, il peut rester quelques poches dans les colonies autour de Rannoch mais très peu. Mais tout va bien chez les Quariens du coup.

- Shepard laisse Legion faire la mise à jour, mais réussit à persuader les quariens de cesser le feu, afin que les Geths ne ripostent pas. Les quariens peuvent s'installer sur Rannoch; les geths ont rien contre et vont même les aider.

A noter que tout comme la première possibilité, les Geths deviennent autonomes, à l'image de Legion, ils n'ont très probablement plus de Consensus (ou l'utilisent en cas de combat), ce qui pourrait justifier le fait de jouer un Geth (mais en Geist, j'ai des doutes). Ensuite jouer un Geth peut être difficile puisque même autonomes, ils agissent en adéquation à la logique, ils calculent et choisissent la solution qui a le plus de chances de réussir, ils n'ont pas du tout d'instinct. Et même en cas de paix avec les quariens, ils resteraient craints par le reste des races, et entrent en paradoxe avec la loi Ershel qui ordonne la destruction de toute IA ( une exception pour eux sera peut-être négociée), ce qui rend leurs interactions avec les autres très limité.

J'ai réfléchi à un autre background où sur Rannoch Geths et quariens coexistent : une région getho-quarienne, une région quarienne anti-geth et une petite partie de quariens qui maintiennent la Flotte Nomade.